Высокий уровень защиты информации в «БИНОМ-КА» достигается жестким разделением (гальванической развязкой) двух вычислительных систем: «открытая» система имеет доступ в интернет, «закрытая» система обеспечивает доступ в защищенную локальную сеть организации. Перенос информации из «открытой» системы в «закрытую» осуществляется через буфер обмена, копирование данных из «закрытой» системы невозможно. Такие ограничения гарантируют защиту от утечек информации, хакерских атак и от проникновения компьютерных вирусов в корпоративную сеть.

«БИНОМ-КА» ориентирован, прежде всего, на использование в информационных сетях органов государственной власти и управления, стратегически важных предприятий, кредитно-финансовых учреждений. В настоящее время «Бином-КА» проходит сертификацию на соответствие требованиям по защите информации.